上映版及びBD＆DVD収録版とTV放送版について、基本的に本編に大きな変更はありません。
（一部、放送尺及び規定に適したものに修正した部分はあります）
ただ、オープニングとエンディングは、上映版及びBD＆DVD収録版とTV放送版は異なるものになっております。

【上映版及びBD＆DVD収録版】
■オープニング：「宇宙戦艦ヤマト」　歌：ささきいさお
■エンディング：
　　第一章（第1巻） 「星が永遠（とわ）を照らしてる」　歌：結城アイラ
　　第二章（第2巻） 「美しき地球（ほし）を知る者よ」　歌：美郷あき
　　第三章（第3巻） 「真赤なスカーフ」　歌：ささきいさお
　　第四章（第4巻） 「記憶の光」　歌：KOKIA
　　第五章（第5巻） 「ヨーソロー　～星の海を越えて～」　歌：影山ヒロノブ
　　第六章（第6巻） 「未定」　歌：JAM Project
　　第七章（第7巻） 「未定」　歌：水樹奈々

【TV放送版】
■オープニング：「宇宙戦艦ヤマト」　歌：Project Yamato 2199
■エンディング：「愛詞（あいことば）」　歌：中島美嘉